Discovery 2 alarm and eka issues

Here is the proper way to redo the eka. It soundslike it needs to be resyncronized. But make sure batteries in key fobs are in good condition.
EMERGENCYÂ KEYÂ ACCESSÂ (EKA)

NOTE: Before attempting an Emergency Key Access (EKA),  ensure remote transmitter batteries are in good condition. If batteries are no good or replacement
procedure takes more than 60 seconds,  remote transmitter will require resynchronization.

NOTE: If either front door is opened while entering an EKA code,  a mislock will be indicated. The door must be closed and key locked and the code entered from the
beginning. This does not count as an incorrect code entry. The EKA code will not be recognized if there is an interval of 10 seconds or more between key turns
or if the key is held turned for 5 seconds or more during the procedure.

Emergency Key Access (EKA) allows anti theft system to be disarmed and engine to be mobilized when a remote transmitter malfunctions. EKA requires that a 4 digit code be entered using the key and the driver's
door lock. The 4 digit code is either a number assigned to the vehicle and found on the security information card or a default number obtainable from the manufacturer. With vehicle locked,  alarm system armed,  and key
inserted in driver's door lock cylinder,  turn key as specified (key must be fully turned to rest and lock/unlock position each time):

1. Insert key into driver's door lock,  turn to the unlock position and hold for at least 5 seconds. There will be an audible warning when the BCU is ready to accept the code. Return the key to the rest position. It is
now possible to use the key to enter the separate numerical values of the 4 digits that make up the EKA code.
2. If the first digit is 4,  turn the key to the unlock position 4 times. Ensure key is fully returned to rest position after each turn of the key.
3. If the second digit is 3,  turn the key to the lock position 3 times. Ensure key is fully returned to rest position after each turn of the key.
4. If the third digit is 2,  turn the key to the unlock position 2 times. Ensure key is fully returned to rest position after each turn of the key.
5. If the fourth digit is one,  turn the key to the lock position one time. Ensure key is fully returned to rest position after each turn of the key.
6. Finally,  turn the key to the unlock position and back to rest position,  a double beep will indicate that the code has been entered correctly. A single beep indicates that the code has been entered incorrectly.
7. Before opening the door,  WAIT 5 minutes for the alarm and immobilizer to be deactivated. DO NOT open the door or attempt to enter the vehicle until the full delay period has elapsed.
8. During the 5 minute wait for the alarm and immobilizer to be deactivated,  the alarm indicator LED in the instrument panel will continue to flash (one flash every 2 seconds).
9. When the 5 minute wait has elapsed,  the alarm indicator LED will stop flashing. Immediately open the door,  insert key into the ignition switch and turn to RUN position. The ignition switch must be turned to RUN
position within 30 seconds of the end of the 5 minute wait or the BCU will automatically immobilize the engine again.
10. If an incorrect code is entered,  an audible warning is emitted and the procedure must be repeated. Up to 10 attempts to enter the correct code are possible. After 10 attempts,  the BCU will not allow any further
you may have to go to dealerfor resyncronization of this.
Mislock

Body Control Unit (BCU) will prevent locking and a mislock will occur if the driver's door is not fully closed,  the ignition switch on,  the inertia switch is tripped or the vehicle is already superlocked.

Ya check those to the antenna but also check your body grounds as they may be the culprit as well. I'm sendign a cople of diagrams to check grounds. And it seems everything goes through the idm. Whatever that is. Also the following is an interesting tidbit I picked up that may be your cause as well.
The following manufacturing details are programmed into the BCU which can be accessed using TestBook:

? Date of manufacture.
? Hardware version number.
? Unit serial number.
? Odometer reading.

It is not possible to use the diagnostic bus to communicate with the BCU via TestBook when the security system is active (except for passive immobilization). This is a security measure to ensure that no key programming
or market configuration can take place if the operator is not in possession of a valid remote transmitter or the vehicle keys.

The BCU is normally programmed to accept two remote transmitters,  but a further two remote handsets can be programmed into the BCU and one optional Self Levelling Suspension (SLS) transmitter. All remote
transmitters need to be available if TestBook is to be used to re configure the BCU.